微型散熱風扇的噪音與摩擦力、空氣流動有關。通常轉速越高、風量越大，造成的噪音也會越大，另外微型風扇自身的震動也是不可忽視的因素。當然的微型風扇的自身震動會很小，但前面兩個者卻是難以克服的。

噪音是微型散熱風扇工作時產生雜音的大小，受多方面因素影響，單位為分貝（dB）。測量微型風扇的噪聲時需要在噪聲小于17dB的消音室中進行，距離風扇一米，并沿微型風扇轉軸的方向對準風扇的進氣口，采用A加權的方式進行測量。微型風扇噪聲的頻譜特性也很重要，因此還需要用頻譜儀記錄微型風扇的噪聲頻率分布情況，一般要求微型風扇的噪聲要盡量小，而且不能存在異音。

要想減小微型散熱風扇噪音，我們可以嘗試使用尺寸較大的風扇。在風量相同的情況下，大風扇在較低轉速時的工作噪聲要小于小風扇在高轉速時的工作噪聲。另外一個我們容易忽略的因素是微型風扇的軸承。由于微型風扇在高速轉動時轉軸和軸承之間要摩擦碰撞，因此這也是微型風扇噪聲的一個主要來源。